Die initiale Mikroflora
Normalerweise dominiert bei Frischware zunächst immer die Kontaminations- resp. die natürlicherweise schon vorhandene Mikroflora (allochthone Mikroflora). Die primäre Kontamination ergibt sich dabei aus der gesamten Umwelt mit den Mikroorganismen aus Boden, Luft, Staub und Wasser.
Bei allen technologisch behandelten Produkten kommt dazu noch eine sekundäre Kontamination durch Anlagen, Geräte und insbesondere den Menschen.
Bei vielen Rohprodukten ist aufgrund der speziellen Zusammensetztung in der Regel eine ganz spezifische Mikroflora anzutreffen, die für diese Produkte typisch ist (autochthone Mikroflora).
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